Thời Lý cùng với nhiều chính sách phát triển kinh tế, các vị vua nhà Lý đã ban hành nhiều chính sách khuyến khích ngoại thương nên giao thương tại Vân Đồn phát triển. Hàng hóa theo tàu nước ngoài xuất đi chủ yếu là trầm hương, ngọc trai, ngà voi, vỏ quế, sừng tê giác, vàng, bạc, đồng, diêm tiêu, hải sản biển… Hàng hóa nước ngoài nhập vào là gấm vóc. Chỉ nhà nước đảm trách hoạt động ngoại thương, tư nhân không được tham gia. Lúc này trang Vân Đồn là đơn vị hành chính cấp cuối cùng trong hệ thống hành chính cấp địa phương. Để bảo vệ an ninh quốc gia, triều đình quy định, tàu thuyền nước ngoài, dù xa hay gần, đã vào cảng đều phải neo ở Vân Đồn, không được tiến sâu vào nội địa. Người nước ngoài chỉ được phép buôn bán ở một số địa điểm nhất định và chịu sự kiểm soát của nhà nước. Nói đến quá trình hưng thịnh của Thương cảng Vân Đồn, sách Đại việt sử ký toàn thư đã viết: “Kỷ Tỵ năm thứ 10 (đời vua Lý Anh Tông) mùa  xuân, tháng hai, thuyền buôn ba nước Trà Oa, Lộ Hạc, Xiêm La vào Hải Đông xin ở lại buôn bán, bèn cho tập trung ở nơi đảo gọi là Vân Đồn để mua bán hàng quý dâng hiến sản vật địa phương”. “Năm Trịnh Phú thứ 9 đời nhà Lý Cao Tông, thương nhân các nước Xiêm La, Tam Phật Tề vào trấn Vân Đồn dâng vật quý xin buôn bán”.

Đến thời nhà Trần (1225-1400), thị trường hương liệu thế giới sôi động, sự phát minh ra con đường hàng hải xuyên biển từ Trung Quốc đến Ai Cập đã đẩy nhịp độ buôn bán quốc tế phát triển mạnh hơn. Buôn bán ở thương cảng Vân Đồn tấp nập, mở rộng với nhiều nước như Nhật Bản, Mông Cổ, Philippines và châu Âu. Lúc này các cửa biển, bến sông là nơi tụ tập thuyền bè trong nước và nước ngoài đến buôn bán. Cửa biển Tha,Viên ở châu Diễn hoạt động giao thương đã diễn ra từ thời Lý thì đến nay đã nông cạn nên hoạt động giao thương gặp nhiều khó khăn. Chính vì vậy mà thương cảng Vân Đồn trở thành thương cảng quốc tế quan trọng của Đại Việt. Nhiều thuyền buôn các nước đã đến Vân Đồn buôn bán. Theo các kết quả nghiên cứu của các nhà khảo cổ học khi khảo sát ở Vân Đồn đã tìm thấy hệ thống bến thuyền cổ trong vịnh Bái Tử Long như bến Làng, bến Cái, bến Con Quy..., đồng thời các nhà nghiên cứu còn tìm thấy ở đây rất nhiều di chỉ khảo cổ là các mảnh gốm men nâu thời Trần. Điều này chứng tỏ sự phát triển sầm uất của thương cảng Vân Đồn thời Trần. Ngoài việc buôn bán, các vua Trần còn cho xây dựng nhiều chùa tháp với quy mô lớn như chùa Lấm, chùa Trong, chùa Cát, Bảo Tháp… ở xã Thắng Lợi để đáp ứng nhu cầu tôn giáo cho cư dân và khách buôn nước ngoài sùng bái đạo Phật

Nếu như dưới thời Lý,Vân Đồn chỉ là đơn vị trang – cấp thấp nhất của đơn vị hành chính cơ sở thì đến thời Trần đã được mở rộng địa giới hành chính, nâng lên thành một trấn trực thuộc lộ Hải Đông, sau đổi thành lộ An Bang. Vân Đồn đã thực sự vươn mình phát triển mạnh mẽ để trở thành thương cảng lớn và có vị trí quan trọng nhất của Đại Việt. Song sự phát triển của hoạt động giao thương tại thương cảng Vân Đồn cũng đặt ra nhiều vấn đề mà nhà Trần phải lưu tâm đó chính là vấn đề an ninh quốc gia. Từ thế kỷ XIV nhà Trần kiểm soát chặt hơn việc hoạt động buôn bán của các thương nhân ngoại quốc ở Vân Đồn do lo sợ ảnh hưởng đến an ninh quốc gia. Theo đó, thuyền buôn của các thương nhân chỉ được dừng lại ở vùng Đoạn Sơn của Vân Đồn mà không được phép tiến sâu vào đất liền. Nhà Trần cùng đã tăng cường cảnh giác những thương nhân Trung Quốc trà trộn để do thám tình hình Đại Việt nên đã tăng cường kiểm soát các hoạt động giao thương của thương nhân và thuyền buôn nước ngoài. Việc quản lý, trấn giữ thương cảng này thường được vua Trần giao cho các thân vương, đại thần trong triều đảm nhiệm, trong đó có Nhân Huệ Vương Trần Khánh Dư. Lúc này Vân Đồn được bảo vệ chặt chẽ. Rào gỗ được dựng lên quanh những nơi buôn bán và bãi biển xung yếu của đảo. Trần Khánh Dư còn ngăn chặn quân Trung Quốc trà trộn vào bằng cách cho quân trang Vân Đồn đội nón Ma Lôi, loại nón được sản xuất từ hương Ma Lôi, Hồng Lộ (nay là Hải Dương) để dễ dàng nhận ra quân Đại Việt. Triều Trần đặt quan cai quản Vân Đồn như một trọng trấn gồm có quan Trấn (võ tướng nắm giữ), quan Lộ (văn quan nắm giữ) và quan Sát hải sứ (quan kiểm soát mặt biển), đặt ở đây một đội quân riêng gọi là quân Bình Hải, có nhiệm vụ tuần tra bảo bảo vệ vùng biển Đông Bắc, kiểm soát an ninh hoạt động ngoại thương.

Có thể nói, những chính sách ngoại thương cởi mở của triều đình nhà Trần đã góp phần rất lớn để biến Vân Đồn trở thành thương cảng sầm uất, nhộn nhịp và thịnh trị nhất dưới thời nhà Trần. Đồng thời trở thành một địa điểm có vị trí chiến lược an ninh quan trọng của quốc gia Đại Việt.

Thiên Bảo